Przeżywszy 67 lat w dniu 17 czerwca 1649 „zmarł pełen lat i zasług dla Rzeczypospolitej położonych […], mąż słynny z pochodzenia, odwagi i bogactw”.
Pogrzeb Stanisława Lubomirskiego odbył się 14 lipca tegoż roku w Wiśniczu, z udziałem biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego (1585–1657), kilkuset osób z kręgu duchowieństwa diecezjalnego i zakonnego, rodziny, krewnych, magnatów i szlachty. Zgodnie z jego ostatnią wolą wyrażoną w słowach: „ut quas coniunxit amor coniugat sepulchrum”, spoczął obok żony w krypcie wiśnickiego kościoła klasztornego, który ufundował.
Kazanie pogrzebowe wygłosił, jak już wspomniano, znakomity kaznodzieja, karmelita bosy o. Aleksander od Jezusa, który obszernie przedstawił zgromadzonym życie i cnoty Lubomirskiego. Kaznodzieja, nawiązując do rzeki Szreniawy znajdującej w herbie zmarłego, za kanwę kazania wziął werset z Jeremiasza: „Quis est iste qui quasi flumen ascendit et veluti fluviorum intumescunt gurgites eius?” (Jr 46, 7) – „Kim jest ten, co podnosi się jak rzeka, a wody jego pienią się jak potoki”.
Nie pominął także obrony zmarłego przed zarzutami jezuitów, którzy za życia nazywali wojewodę opiekunem różnowierców i heretyków, pomimo iż to on z Łańcuta wyrugował wszystkich dysydentów. Po zamknięciu
krypty grobowej, w chórze kościoła, gdzie karmelici bosi nieustannie modlili się w intencji swego fundatora i dobroczyńcy, umieszczono obraz zmarłego z odpowiednią inskrypcją. Karmelici widzieli w Lubomirskim „dobrodzieja profusè zakonowi […] szczodrobliwego”.